תשובה אחת
קודם כל, לא סתם "כמות אטומים" אלא אטומים שנמצאים בקשר חזק שהופך אותם למולקולה אחת, כך שהם בלתי-נפרדים (למעט אם משקיעים אנרגיה בפירוק הקשר הזה).

כמו כן, המספר מציין כמות אטומים של היסוד הזה במולקולה רק אם הוא נמצא בצד ימין ולמטה של שם היסוד. יש לו משמעות אחרת כשהוא במיקומים אחרים יחסית לשם היסוד (למשל, אם המספר בשמאל למעלה זה מציין איזוטופ של החומר).

לגבי הדוגמה שנתת ne2, היא לא הגיונית - נאון הוא גז אציל ולא ראקטיבי, ולכן במצבים נורמליים הוא לא יצור קשרים. כלומר, לא סביר שתהיה מולקולה שבה אטום נאון יהיה קשור לאטום נוסף (בין אם נאון או כל אטום אחר).